Powstanie Archiwum Uczelnianego wiąże się integralnie datą powstania Akademii Medycznej w Warszawie. W latach od 1950 do 1952 spuścizna po Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego jak i akta bieżące były przechowywane w różnych komórkach organizacyjnych Uczelni.
Od 1952 roku na poddaszu budynku przy ul. Filtrowej 30 tworzyły się pierwsze zręby samodzielności Archiwum. W kilka lat dzięki wysiłkowi udało się zgromadzić setki akt w tym dokumentacji historycznej stanowiącej kat A oraz dokumentacji niearchiwalnej stanowiącej kat B.
W 1971 roku, nie mogąc pomieścić się z zasobami pod dotychczasowym adresem, Archiwum zostało przeniesione na ul. Twardą 6.
W 1992 roku Archiwum znajdowało się na ul. Żwirki i Wigury 81, a od 2000 roku mieści się w dotychczasowej siedzibie przy ul. Pawińskiego 3.